Pierwszą wiadomość o kościele w Piwnicznej znajdujemy w dokumentach z roku 1375: Elżbieta, królowa Węgier i Polski wyznacza pewne dochody kościołowi w Piwnicznej z żup bocheńskich i wielickich (Kod. Dypl. Małop., t.III, str. 287-288 - opr. Piekosińskiego).

Kronika Parafialna, pisana od roku 1845, rozpoczyna się historycznym wprowadzeniem. Ze względu na pożar 13 stycznia 1764 r., uległy zniszczeniu wszystkie księgi metrykalne oraz dokumenty w parafialnym archiwum.

Ponowny pożar miasta w dniu 14 kwietnia 1876 r. niszczy również kościół, o którym ówczesny proboszcz ks. Maciej Żyła (objął parafię 19 marca 1874 r.) napisał, że przedstawiał najsmutniejszy obraz i groził zawaleniem. Obecny kościół zbudowano latach 1881 - 1886, został w dniu 24 lutego 1886 r. poświęcony przez bp Jakuba Rozwadowskiego przy udziale wielu kapłanów i świeckich. W wyniku zaistniałych nieporozumień i trudności, ks. Jakub Żyła rezygnuje za zgodą ks. bp tarnowskiego Ignaca Łobosia z parafii Piwniczna i przechodzi do Biegonic.

Kościół był nowy, ale pusty, nabożeństwa odprawia się przy prowizorycznym ołtarzu. Proboszczem zostaje mianowany ks. Antoni Pasiut, który kanoniczne obejmuje parafię 18 maja 1887 r. Duszpasterstwo w nowej parafii rozpoczął od wielkich misji w roku 1888, które rozpoczęły duchową przemianę ludzi. Staraniem ks. Proboszcza, podczas wizytacji kanonicznej przeprowadzonej przez ks. Bp Ignacego Łobosia zostaje konsekrowany nowy kościół.

Dzięki staraniom ks. Proboszcza nabyto nowe szaty liturgiczne i podstawowy sprzęt do służby Bożej i wystroju kościoła. W 1891 r. wybudowano ze składek wiernych boczny ołtarz Serca Jezusowego. W następnym roku wstawiono do kościoła ławki. Ks. Antoni Pasiut przechodzi w r. 1893 na probostwo w Radomyślu.

W dn. 29 lipca 1893 r. parafię obejmuje ks. Jan Dagnan. Energicznie przystąpił do wyposażenia kościoła: nowa balustrada przed wielkim ołtarzem, boczny ołtarz p.w. Matki Bożej, ambona (1896), bielizna kościelna, figura Serca Pana Jezusa, świeczniki itd.

1902 - dobudowano od strony płd. kościoła, nową zakrystię, a w następnym roku kościół został pomalowany.
1906 - wybudowano nowy chór muzyczny, liczne naczynia liturgiczne i szaty oraz bieliznę kościelną.
1907 - organy 7-głosowe z firmy M. Janiszewski ze Lwowa.
1908 - okna witrażowe do prezbiterium firmy Żeleński z Krakowa, poprawiono mur otaczający kościół.
1910 - okna witrażowe w nawach kościelnych.
1911 - sprawiono 14 stacji drogi krzyżowej z terakoty, które sprowadzono od Józefa Mullera z Monachium.
1912 - odnowiono wielki ołtarz, dodano w nim figury św. Piotra i Pawła oraz aniołów.
1916 - wojsko zarekwirowało 2 dzwony kościelne. Pozostał tylko pochodzący z XVI w. największy jako zabytkowy.