W październiku 1930 r. umiera ks. Jan Dagnan. Jego następca ks. Piotr Lewandowski obejmuje parafię 15 marca 1931 r. W 1932 r. - w dniach 2-10 kwietnia, zostają przeprowadzone misje św. przez Ojców Redemptorystów z Podgórza.
W 1934 r. gruntownie wyremontowano zakrystię, gdyż groziło jej zawalenie - wzmocniono specjalnymi ankrami i związano z prezbiterium. W następnym roku 1935 naprawiona zostaje wieża kościelna, wymienione zostały przegnite słupy.
Rok 1935 to założenie Parafialnej biblioteki przez ks. wikariusza Michała Wojdaka. W roku 1938 powstaje parafialny "Caritas". Kościół zostaje wewnątrz wymalowany przez Tadeusza Terleckiego z Tarnowa. Natomiast zewnątrz odnowił kościół majster murarski Siwek z Tuchowa. Na początku II wojny światowej, w r. 1940 odnowiono ołtarz Matki Bożej: oczyszczono złocenia, a rzeźby pokrytą imitacją złota - pracę wykonał Stanisław Kruczek ze Starego Sącza.

Czas wojny to okres przeróżnych ograniczeń i zakazów wydawanych przez władze wojskowe: zakaz śpiewania pieśni "Boże coś Polskę", wszelkich zmian przynależności religijnych, procesji itp. W roku 1941 zarekwirowano na cele wojenne sygnaturkę, natomiast zostawiono dzwon pochodzący z Maosen z r. 1523. Jest to czas wielkiego głodu i braku podstawowych rzeczy koniecznych do życia: żywności, odzieży, obuwia, opału itp. W kościele udało się wprowadzić światło elektryczne.
Władza okupacyjna wprowadza różne zakazy: nie wolno udzielać ślubów kościelnych "volksdeutschom" przed ślubem cywilnym. Ze względu na panującą czerwonkę, kościół był zamknięty dla odprawiania nabożeństw w dniach 8.X - 31.X. 1942 r.

Na terenie parafii mają miejsce publiczne egzekucje:
11 listopada 1943 w Młodowie - 10 osób przywiezionych z Nowego Sącza
23 grudnia 1943 na Łomnickim - 4 kobiety
13 sierpień 1944 - 15 osób przywiezionych z Nowego Sącza
15 września 1944 - 18 osób

W roku 1946 zostały sprowadzone dla prowadzenia 2 przedszkoli Siostry św. Wincentego a Paulo - Szarytki.

Więcej o siostrach Szarytkach tutaj

Nowy porządek władzy publicznej wprowadza nowe szykany: grunty parafialne obłożono wysokimi podatkami, urządza się różne świeckie uroczystości w czasie nabożeństw w kościele, przygotowania do usunięcia religii ze szkoły.
W roku 1948 kupiono dzwon w firmie Braci Felczyńskich w Przemyślu.
1949 - siostry Szarytki zwolniono z przedszkoli i odeszły do Krakowa.
W dniu 4 września zostaje aresztowany ks. wikariusz Bogusz za spowiedź "ludzi leśnych". Po dwóch miesiącach śledztwa zostaje zwolniony.
1951 - ingerencja władz i zakaz odprawiania nabożeństwa we Wielką Sobotę w godzinach nocnych.

3 kwietnia 1952 r. zmarł ks. Piotr Lewandowski.

Długoletnim proboszczem w trudnych latach dla Kościoła w Polsce Ludowej był ks. Mgr Ludwik Siwadło, syn ziemi bocheńskiej, ur. 16 lipca 1907 roku.
W 1951 r. uzyskał na Uniwersytecie Jaggielońskim tytuł magistra teologii oraz absolutorium z zakresu historii sztuki. Brał udział w wojnie 1939 r. jako kapelan rezerwy. Po 1945 r. z przerwami był nauczycielem religii w Nowym Sączu. Prowadził także pracę duszpasterską, m.in. zajął się organizacją budowy kościoła w Marcinkowicach.

Od 3 sierpnia 1952 do 1983 r. ks. Prałat Siwadło był proboszczem parafii w Piwnicznej. Wkrótce po przejęciu obowiązków doprowadził do wyremontowania kamiennej kapliczki św. Antoniego na Piwowarówce (1953). Uporządkował sprawy ekonomiczno-gospodarcze parafii.

Ks. Prałat Siwadło zajął się gorliwie remontem miejscowego kościoła; odmalowano wnętrze, które posiadało zniszczoną polichromię z 1938 r., odnowiono ołtarze boczne, odnowiono ściany zewnętrzne, wykonano malowania dachu pokrytego zniszczoną blachą ocynkowaną. Oprócz tego doszło do wymiany zniszczonego ołtarza głównego, co połączono ze zmianami wprowadzonymi przez Sobór Watykański II. Wtedy ks. Proboszcz podjął śmiałą decyzję umieszczenia w prezbiterium mozaiki "Dobrego Pasterza" wykonanej przez Marię Hiszpańską-Neumann, wybitną artystkę warszawską. Obecnie mozaika, jako dzieło sztuki stanowi ozdobę kościoła parafialnego.
W wyniku licznych wędrówek górskich ks. Proboszcza zostały przywrócone czci wiernych różne zapomniane kapliczki.
W okresie natężonej walki z Kościołem ks. Proboszcz wybudował dom katechetyczny (1980). Dzięki jego znajomości sztuki i chęci zbadania dziejów parafii zebrano nieliczne zabytki pochodzące ze spalonego kościoła (chrzcielnica, obrazy). W celu wzmocnienia życia parafialnego ks. Proboszcz zorganizował misje parafialne w 1963 r. oraz uzyskał od władz duchowych zgodę na obchodzenie drugiego święta patronalnego parafii w dniu 3 maja. W 1967 r. parafia liczyła 4497 wiernych (w tym Piwniczna 3238, Głębokie 259, Kokuszka 625 i Młodów 375).

Ks. Prałat Siwadło rozwinął także na terenie parafii dzieło powołań kapłańskich i zakonnych, które zapoczątkował jego poprzednik, ks. Piotr Lewandowski. Władza duchowna w uznaniu zasług mianowała ks. Proboszcza dziekanem dekanatu starosądeckiego (1962) i szambelanem papieskim (1965). Mimo przeszkód ze strony władz politycznych ks. Prałat Siwadło nie pozostał obojętny na potrzeby materialne mieszkańców Piwnicznej. M.in. z majątku parafialnego odstąpił parcelę budowlaną pod budowę Spółdzielni Przemysłu Szewskiego "Watra" oraz działkę, na wybudowanie Banku Spółdzielczego. W uznaniu Jego obywatelskiej postawy otrzymał od Rady Miasta i Gminy złotą odznakę "Zasłużonego dla Piwnicznej".

19 marca 1992 r. zmarł ks. Prałat Ludwik Siwadło